ACMG：基因芯片分析技术研究进展

在2012年3月29日美国遗传医学学院（American College of Medical Genetics ，ACMG）会议上，犹他大学儿科和病理小组与犹他大学ARUP公司诊断实验室做了联合使用Affymetrix基因芯片分析揭示慢性淋巴细胞白血病（Chronic Lymphocytic Leukemia）与10q24.32复发性等位基因缺失（Recurrent Monoallelic Deletion）有关的报告。慢性淋巴细胞白血病（Chronic Lymphocytic Leukemia ，CLL）具有非常多样化的临床表型。而通过染色体的畸变类型可以判断病人属于哪种CLL亚型，评估预后以及检测残留病灶，所以正确识别相关的畸变对于病人管理具有非常重要的意义。基因芯片之所以在CLL预后的重要性中获得认可，是因为其在检测拷贝数变异（CNVs）方面具有非常高的分辨率。此项研究中，10例CLL样本全部由CytoScan HD（Affymetrix）芯片检测CNVs。其中两个独立的样本中都发现了10q24.32的微观间质性缺失（submicroscopic interstitial deletions）。这两个样本中检测到的缺失片段大小均在670kb左右。缺失区域包含TMEM180, ACTR1A, SUFU, TRIM8, ARL3, SFXN2, C10orf26, CYP17A1, C10orf32, AS3MT及CNNM2基因。而另一个案例检测到的10q末端缺失伴有10q24.1的断裂点。在这些基因当中，SUFU是肿瘤抑制基因，TRIM8是生长抑制基因。它们可能是该临床显著缺失区域的候选基因。  

 随后，为了调查这些缺失是否是CLL的普遍变化，该小组又用荧光原位杂交（Fluorescence in Situ Hybridization，FISH）的方法针对SUFU和TRIM8基因设计探针，验证了20余个CLL样本。FISH结果显示该区域的缺失在其中3例样本中有发现，而在30例样本中的总数为6个（达到20%，包括10q的大片段缺失）。类似的缺失在采用全基因组芯片对23例急性淋巴细胞白血病样本进行的分析中没有发现。这些缺失在DGV数据库中同样没有General population注释，是全新的发现。目前10q24.32复发性缺失是否包含SUFU和TRIM8基因还未知。正因为基因突变对于预后非常重要。如果要建立这些畸变对于预后的意义以及这些基因在CLL发病中的作用，还需要更深入的研究。