Nature：蛋白质互作的筛查系统（上）

随着越来越多的蛋白质相互作用被发现，研究人员正在寻找新的途径查询这些数据，理解相关内容之间的联系。

上接：Nature：蛋白质组学，互作图谱

酵母双杂交（Y2H）分析是采用将成对的蛋白质与一种转录因子的两部分相结合的方法来检测这些成对蛋白的相互作用的，这种方法初次报道于1989年。假如蛋白质结合在一起，转录因子就可重建，激活报告基因，促使酵母生长。法国的Hybrigenics公司和瑞士的Dualsystems Biotech公司均提供Y2H筛选服务（免费索取Clontech酵母双杂交产品资料 ）。

“酵母双杂交有着巨大的优势，但也有一个不利之处：它可以检测低亲和力，”德国Max Delbrück分子医学中心神经蛋白组学研究人员Erich Wanker说。换句话说，这种分析可以鉴别出微弱的短暂的配对蛋白例如那些延伸细胞信号的蛋白，但也可以检测随机撞在一起的蛋白质。“到底我们要真正相信在哪个点发生了相互作用？”Wanker问道。

现在科学家们已经找到多种检测和避免各种假阳性结果的方法。“粘性”蛋白非特异性结合到其他蛋白质上的假象可以被鉴别和排除。通过单个导入蛋白而非重构的转录因子促进的酵母生长，现在也可以被识别（点击免费获取GE蛋白质互作研究Biacore系统相关资料 ）。

精确的系统确保了所有期望的组合均能得到测试。现在不再采用所有的基因转染相同的酵母细胞的方法筛查两种潜在的互作伴侣，而是将转染单个基因的酵母杂交，检测其后代的生长。机器人系统将酵母精细混合，每次分析可运行多个重复。观察到相同互作的次数成为了质量评估的一部分。“我们认为Y2H可以生成可靠且可重复的结果，”Wanker说。

尽管如此，也还是有一些互作不会在Y2H中观察到。例如，Y2H要求互作蛋白必须要使转录因子的两部分重新结合，蛋白质必须要能够进入细胞核激活报告基因。因此，膜特异性蛋白或细胞器特异性蛋白的互作就无法看到。

除了Y2H，哺乳动物细胞中低通量的检测也可用于筛查相互作用：这些测试包括LUMIER（luminescence-based mammalian interactome）系统、哺乳动物细胞蛋白质与蛋白质相互作用陷阱(mammalian protein-protein interaction trap,MAPPIT)系统、蛋白芯片和蛋白片段互补测定法（protein fragment complementation assay：PCA）。尽管它们的数量级低于Y2H，它们也可以探测更多相关背景下的互作。