Nature Genetics：衣原体原本的分类不可靠

来自欧洲、非洲和北美的研究人员开展了一项以基因组学为基础的系统发育分析，发现沙眼衣原体（Chlamydia trachomatis）存在广泛的重组。他们认为，沙眼衣原体分类所用的检测往往不足以了解菌株之间的真实关系。该成果近日发表在《Nature Genetics》杂志在线版上。

通过对新近测序的分离株以及16个过去测序的分离株的系统发育分析，他们发现，与眼部感染、泌尿生殖道感染和全身性感染相关的沙眼衣原体基因组中存在重组。

沙眼衣原体是一类在细胞内寄生的微生物，大小约为250～450 nm。沙眼是一种我们比较熟悉的由沙眼衣原体引起的疾病。这种衣原体还会引起结膜炎、泌尿生殖道感染、性病性淋巴肉芽肿等。

根据宿主种类及所致疾病的不同，沙眼衣原体分为三个生物变种：沙眼生物变种，淋巴肉芽肿（LGV）生物变种和鼠肺炎生物变种。每个生物变种又分为若干个血清型。沙眼衣原体的分型主要是基于一种称为主要外膜蛋白（MOMP）的细胞表面蛋白，或编码这种抗原的ompA基因。然而，人们对其群体和进化遗传学的了解很有限。

在这项研究中，研究人员对36个沙眼衣原体分离株的基因组进行了测序。这些分离株是在1959-2009年间从世界各地采集到的，其中包括12个L2b流行菌株、6个其他LGV菌株、14个泌尿生殖道菌株和4个眼部菌株。

为了完善他们的系统发育分析，研究小组还增加了过去测序的16个菌株的遗传学数据，包括2个LGV菌株、11个泌尿生殖道感染相关菌株和3个眼部感染菌株。

他们的系统发育分析指向了三个谱系：一个由LGV菌株组成，而另一个包含两个泌尿生殖道分支，其中一个又产生眼部分离株的分支。

与研究人员的预计不同，基因组数据表明，不同类别的分离株之间存在着广泛的混合与配对。研究人员表示，尽管沙眼衣原体有足够的遗传硬件来开展重组，但长期以来人们都认为它们没有。

文章的通讯作者，Wellcome Trust Sanger研究院的Nicholas Thomson谈到：“我们确实发现重组存在于临床分离株之间，几乎是你想到的任何重组。现实情况是不存在重组的物理障碍。几乎所有菌株都互相重组。”

更让人吃惊的是，一些重组事件还包括了编码MOMP抗原的基因。研究小组发现，一些有着相同ompA序列的菌株分布在进化树的不同分支上，暗示这种血清型标志物并不是特别好。

研究人员认为，在大部分情况下，新的研究成果并不会影响衣原体感染的诊断和治疗方式，因为临床上关心的通常是是否存在沙眼衣原体。但他们预计，这项成果会对今后沙眼衣原体的研究方式产生直接影响。