基因表达分析新技术(四)
日期:2011-11-15 08:59:19
科学家们为了能深入了解特异性基因表达,发展了许多实验技术,比如芯片技术,PCR,高通量测序等,但是要想得到精确的结果,仍然依赖于实验操作人员对于技术掌握的熟练程度。而且随着基因表达研究越来越多,为了确保公布的结果的精确性,对于相关分析也越来越严格。不过所幸目前也有了更多基因表达分析相关的产品,这些产品带来的新技术也许能帮助我们解决难题。
非编码RNA分析
近年来非编码RNAs,microRNAs成为了研究热点,不少研究成果表明miRNAs在基因表达分析中扮演了重要角色,这些小分子片段经过蛋白行使功能,它们直接与mRNA相互作用,抑制翻译。现代生命科学表明,仅通过分析转录,基因表达,并不能告诉我们所有的事情。
著名的Life Technologies公司今年推出了一款新型的microRNA分析平台:TaqMan OpenArray MicroRNA Panels,这一平台能对每一样本检测数百种microRNA,分析样品覆盖700多个条人类和啮齿类动物(小鼠和大鼠),而且这一分析平台需要的样品少——只需低至100毫微克的总RNA,分析速度快——8小时工作日内可以处理36个样本(33nl的反应体系,每个Panel可以处理3个样本),因此是一种适合中高通量microRNA研究的选择。
除此之外,上文提及的nCounter miRNA表达系统也可以用于非编码RNA的分析,这一系统包括人类,小鼠和大鼠的miRNAs分析平台,可以在同一试管中定量分析mRNAs和miRNAs。
基因表达数据处理
基因表达实验分析中产生的数据越来越多,要分析这庞大的数据群无疑是一个挑战,而且除了数据数量以外,从中整理出相关数据也令人头疼,比如研究人员也许希望同时分析几个相关因素数据,或者排除地点,和时间的影响来分析样品数据,而且研究人员还常常需要分析不同平台获得基因表达数据之间的相关性。
来自全球最大的统计学软件公司推出的JMP Genomics软件是JMP家族的一员,JMP统计软件能帮助研究人员将生命科学数据完全可视化,促进高效、互动的数据探索和分析。这一软件系统可以应用到从实验室工作台到病床的全过程中,优化研究和开发周期,还可以分析药物从临床前到后期市场营销的的整个生命周期表现。
JMP Genomics应用广泛,可以连续分析伴随有海量数据的芯片实验,以及高通量测序研究中产生的数据组,SAS的JMP生命科学产品部经理Shannon Conners表示SAS将这些分析工具归于特殊数据类型,“比如像是RNA测序分析之类的数据分析,都有简化的流程”,新出品的JMP Genomics5.1将带来更多的方便。
另外作为测序领域的领先科技公司,Illumina也有针对基因表达分析的相关软件,其GenomeStudio数据分析软件可以用来查看和分析基因表达产生的数据,GenomeStudio软件中性能优化的工具和用户友好的图形化界面让研究人员能够快速轻松地将数据转化成有意义的结果。
这些分析工具显示了基因表达分析与其它方法结合的进步,这些技术的结合将有助于基因表达分析越来越快,也越来越简单。
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