基因化石揭示人类进化史

“跳跃基因”（jumping genes）一词指的是基因编码的物理交换过程中基因信息在物种间的交换。人类也不可避免的受到一些疾病基因编码的侵袭，在人类漫长的进化历史中始终伴随着某些疾病所带来的危害，比如癌症。

    逆转录病毒感染在动物的进化历史长河中已经存在了上百万年。在有些情况下，寄生的基因会融入到宿主的种系中，这就是内源性逆转录病毒。你可以把其理解为保存在基因中的“化石”，人类基因中高达8%是由这些“化石”所组成。

    在经过数百万年的基因变化，大部分内源性逆转录病毒是保持休眠状态；但有些仍然会发挥其基因编码的作用，它们的作用有好有坏，有些能调节宿主的免疫 反应，有些则会促使疾病的发生，如多发性硬化和某些类型的癌症。但在目前，年代超过2.5亿年前的逆转录病毒序列不能在今天的基因组中被发现。

    文章作者比较了两种计算方法：基本的系统发育方法（basic phylogenetic method）和需要密集计算的蒙特卡罗马尔科夫链（Monte Carlo Markov Chain，MCMC）方法，研究者发现这两种方法对于小于4000万年的内源性逆转录基因的预测都比较相近。而大于4000万年的结果则出现了明显分 歧，年代久远，分歧越大。

     两种方法各有优劣，当数据量大的时候MCMC方法的计算会非常耗时。对于全基因组研究来说，在保证计算可行性和准确性的时候，简单的系统发育方法则是一个较好的选择。