罗氏454测序平台成功解读小麦基因组

英国研究人员于上周公布了首个小麦基因组序列。其中，研究人员利用罗氏454 GS FLX测序平台，以5倍的基因组覆盖度对小麦基因组进行测序，并覆盖95%的小麦已知基因。

该项目至今历时一年左右，期间获得来自于英国生物技术和生物科学研究学会为期两年约170万英镑（260万美元）的项目资助。

在接下来的一年中，研究人员计划对测序结果做进一步分析，并对单核苷酸多态性（SNP）进行验证。

“我们不仅仅要拼接出完整的小麦基因组草图，而更重要的目标在于鉴别出不同小麦品种间多态性，尤其是与基因及特异基因组拷贝数有关的单核苷酸多态性”，利物浦大学功能及比较基因组学教授及项目首席科学家Neil Hall说到。

Hall教授表示，整个测序项目的完成是基于罗氏454 GS Titanium测序试剂及仪器平台。该平台其能够实现稳定400bp以上的测序读长，其科研小组在一些测序运行中还获得更高至650bp的测序读长。长读长便意味着序列拼接的显著优势。同时，Hall教授表示，他们也完成了一部分转录组测序，以帮助确定哪些编码区出现SNP，并确定相关基因表达。

小麦基因组测序工作非常具有难度及挑战。之所以选择罗氏454平台，Hall教授认为，因为小麦基因组非常大约16Gb，约为人基因组的5倍，是目前测定过的最大的基因组之一。且其具有许多重复区域，是一个相当复杂的六倍体基因组。相比一些短读长平台，454的长读长优势能够非常有效地帮助确认某一SNP对于某一特定小麦品种是否具有特异性，其是否是杂合或纯合。