新方法揭示了隐藏的调控分子细胞

一个最近发现的小RNA分子,其中一些已经与癌症的发展过程中,刚刚得到新的核糖核酸测序技术由加州大学圣塔克鲁兹分校的研究人员开发的。

8月3日发表的一篇论文中描述的技术《自然方法》提供敏感检测小分子rna的化学改性后(甲基)基因组的转录。研究人员使用技术揭示大量的修改片段来自转移核糖核酸分子在酵母细胞和人类细胞。

“转移rna是所有生物中最大量的小分子rna,和原来细胞只是散落着小块。我们发现许多块隐藏从标准分析由于修改的RNA,”一个在加州大学圣塔克鲁兹分校生物分子工程项目科学家。

资深学者托德•劳生物分子工程的教授和主席说,RNA研究的方法打开一个快速增长的领域。“与我们的方法,增加三倍以上的整体检测转移核糖核酸片段,”他说。

转移核糖核酸是几十年前一个定义良好的作用,加上信使RNA和核糖体核糖核酸,在DNA编码的遗传指令翻译成蛋白质。发现的由微RNARNA干扰和基因调控,然而,彻底改变了科学家对RNA基因调控和其他细胞功能的作用。自那时以来,丰富和多样性令人眼花缭乱的小分子RNA在细胞被发现,科学家们仍在努力解决他们都是做什么的。

“在过去的五年里,我们开始看到,转移rna不仅是基因翻译成蛋白质,他们被切成碎片,做其他事情的细胞,”罗伊说。“就在最近的一个子集,这些碎片被发现抑制乳腺癌的进展。”

转移核糖核酸片段可以使用高通量测序技术检测和分析。但一个关键的步骤,RNA序列协议是被某些RNA修改涉及添加甲基,而这些修改转移RNA中十分普遍。加州大学圣克鲁斯分校的研究人员和他们的合作学者在罗切斯特大学医学院研发了一种酶的方法,删除那些测序前修改。

使该方法更强大,UCSC的团队开发了一个测序数据的计算分析,可以识别和特定的修改,看看他们是多么常见的。他们用这种方法来准确预测之前记录转移核糖核酸酵母修改模式。将这项技术应用于人类细胞,他们能够记录大量的先前未映射的修改。

“在人类基因组中,这个特殊的修改只有被映射在10到15%的转移rna,与我们的方法能够几乎他们所有人。它的发现极大地加快步伐,”罗伊说。

劳指出,该项目利用加州大学圣塔克鲁兹分校的专业技能在两大领域,生物学和基因组RNA。他的实验室隶属于加州大学圣克鲁兹基因组学研究所和RNA的分子生物学中心。