Cancer Res：癌症基因组测序存在大量盲点

Cancer Research杂志发表的一项新研究，鉴定了四百多个癌症基因组测序中的“盲点”，这些没有充分测序的区域隐藏有致癌性的基因突变。

二代测序的迅猛发展，为整个生命科学领域带来了一场革命。如今，癌症基因组测序已经鉴定了大量的驱动突变，为癌症研究和癌症治疗提供了宝贵的信息。

然而，测序技术也有难以解读的基因组区域。曼彻斯特大学癌症研究所的研究团队，希望通过发掘这些盲点进一步解析突变对癌症的影响，以便能够更早检测和诊断癌症，开发出更好的治疗策略。

“癌症的遗传学背就像是一本书，我们的测序技术能够读取书中绝大部分的内容，但还是有一些页面被遗漏了，”文章的第一作者Andrew Hudson说。“这些章节可能是无关紧要的，也可能含有重要线索改变我们对整本书的理解。我们只有想办法开启这些页面，才能对癌症有一个全面的认识。”

CCLE（Cancer Cell Line Encyclopedia）和COSMIC（Catalogue of Somatic Mutations in Cancer）是两个目前最主要的癌症基因组测序数据库。研究人员比较了这两数据库，发现同一个细胞系里的错义突变存在着显著的差异。这个问题的主要原因是，外显子组中GC含量高的区域没有得到充分测序。

研究人员根据已知的癌症基因，鉴定了四百多个始终没有充分测序的区域（cold-spot），并将它们称为癌症基因组测序的盲点。这些盲点位于高度重复的DNA区域，测序在这里很容易卡壳。这种技术缺陷很可能遗漏在癌症中起到重要作用的突变。

研究人员指出，特异性靶标和测序富含GC的cold-spot，可以在已知的肿瘤抑制子和癌基因中找到新的驱动突变。他们通过新鉴定的PAK4突变证实了这一点。

文章强调，全面评估常用细胞系中的基因组突变，需要比对不同的基因组数据库。另外，癌症的外显子组测序存在盲点，人们可以在这些区域鉴定到新的驱动突变。